Sogin è una Società per azioni con unico socio il ministero dell'Economia e delle Finanze. Dal 16 settembre 2004, acquisendo il 60% delle azioni di Nucleco SpA, si è costituito il Gruppo Sogin.

Il 16 agosto 2009, con decreto del Presidente del Consiglio dei Ministri, sono stati nominati il Commissario della società, l'ingegner Francesco Mazzuca, e i Vicecommissari, l'ingegner Giuseppe Nucci e l'avvocato Claudio Nardone.

Il 13 maggio 2010,  con decreto del Presidente del Consiglio dei Ministri, gli incarichi di Commissario e di Vicecommissario, conferiti rispettivamente all'ingegner Francesco Mazzuca e all'ingegner Giuseppe Nucci, sono stati prorogati per la durata di due mesi.

Gli incarichi di Commissario e Vicecommissario, conferiti rispettivamente all’Ing. Francesco Mazzuca e all’Ing. Giuseppe Nucci, sono stati prorogati sino al 30 settembre 2010.
Il decreto del Presidente del Consiglio dei Ministri è stato registrato il 19 luglio 2010 dalla Corte dei Conti (registro 8, foglio 206).

Gli organi di controllo amministrativo/contabile e di vigilanza di Sogin sono:

• Collegio Sindacale;
• Delegato della Corte dei Conti;
• Organismo di Vigilanza.

Il Collegio Sindacale, nominato il 2 luglio 2008, è composto da tre Sindaci effettivi e due Sindaci supplenti, che rimarranno in carica fino all'approvazione del bilancio dell'esercizio 2010:

• Salvatore Ventorino (Presidente);
• Marco Costantini (Sindaco effettivo);
• Luigi La Rosa (Sindaco effettivo);
• Paolo Castaldi (Sindaco supplente);   
• Gianfranco Pepponi (Sindaco supplente).

Il Delegato della Corte dei conti, nominato in data 7 giugno 2007, è Antonio Dagnino. 

L'Organismo di Vigilanza, nominato nel novembre 2007, è composto, nel rispetto dei requisiti di autonomia e indipendenza, da tre membri: 

•   Fabrizio Di Lazzaro – Presidente (componente esterno);
•   Paolo Germani (componente esterno);
•   Domenico Campolo (responsabile Sogin di Internal Auditing).